Первым за решение проблемы подготовки специалистов в области психического здоровья в Беларуси взялся Владимир Семёнович Васильев, занимавший в то время должность первого проректора Гродненского государственного медицинского института. Человек передовых взглядов, он отлично понимал всю перспективность организации факультета с психологическим уклоном. Тем более, что определённые наработки в этом деле уже были. Плодотворно работала в институте кафедра психиатрии, которую возглавлял Обухов Геннадий Алексеевич. Именно при этой кафедре был организован курс общей психологии, где начинали работать первые преподаватели и обучаться первые студенты медико-психологического факультета.

Когда Владимир Семёнович обратился в Министерство здравоохранения с обоснованными предложениями об открытии медико-психологического факультета, он сразу же нашёл понимание среди руководства министерством. Большую роль в положительном решении вопроса сыграла, безусловно, Чернобыльская трагедия. Белорусы остро почувствовали её последствия, связанные с психосоматическими заболеваниями, многочисленными стрессами.

В апреле 1993 года было принято решение об организации медико-психологического факультета. В этом же году был осуществлен первый набор студентов. Михаил Михайлович Петкевич одновременно возглавлял педиатрический, медико-психологический факультеты и отделение медицинских сестер с высшим образованием. С октября 1997 г. эту должность занимал Геннадий Григорьевич Мармыш, а с мая 1998 г. Константин Устинович Вильчук.

С 1 сентября 1998 года приказом ректора института организован самостоятельный медико-психологический факультет, первым деканом которого стала Шамова Татьяна Михайловна.

С 2006 года по 2010 год медико-психологический факультет возглавляла Карпюк Валентина Алексеевна.

С 2010 года по 2019 год на должности декана работала профессор Шамова Татьяна Михайловна.

В 2020 году деканом назначается выпускница медико-психологического факультета, доцент Бойко Светлана Леонидовна.